Это я... Я конечно же не врач, но вторая припухлость очень похожа на ушиб. У меня вообще была кошмарная ситуация - у обоих шиншилл хвосты просто безжизненно висели. Одному ампутировали под корень, у второй был ушиб. Вот вторая шишка на рентгене очень схожа с рентгеном ушибленного хвоста, но на фото прямо под Вашим ногтем мне кажется есть дырочка... Конечно ампутировать нужно по нее, иначе может и до повторной дойти ТТТ! Это причина раз.
Второе - если оставить хвост более коротким, он будет и заживать лучше, кончик хвоста, он как бы отсыхает, там очень мало мягких тканей (да и нервных окончаний - поэтому они себе их и отгрызают), а середина и основание более мясистые и кожа там не такая грубая.
Если судить по моему опыту - хвост на самом деле гораздо более проблемное место, чем кажется на первый взгляд... Но в Вашем случае все должно быть нормально, все-таки 2 года он его не трогал, главное - дождаться, пока швы окончательно заживут, лучше носить воротник подольше чем скажет врач, намного дольше.