Наверху шиншиллы не рожают в принципе - за это можете не волноваться.
У роженицы в любом случае (неважно, в витрине или клетке) надо снять полки (разве что кроме самой низкой, по высоте не более 10-15 см от пола).
Скажу за себя (хотя, наверное, многие со мной не согласятся) - я домики шиншиллам не ставлю в принципе. Если домик фиксированный, то из него сложно достать маму с детками, чтобы взвесить и осмотреть, а это надо делать регулярно. Если домик передвижной, то появляется большой риск, что ребенок залезет между стенкой и домиком, и его нечаянно придавят там.
Поэтому от домов мы отказались. Вместо домика хорошо зарекомендовала себя широкая низкая полка (15 см от пола, сама полка 30*30 см). Она им и как укрытие, и не мешает ничему.
Я у своих молодых мамочек из всех полок оставляю только ее, пока деткам не исполнится где-то месяц.
Иначе и мамы (даже самые хорошие) периодически начинают убегать от деток наверх, и взрослые начинают сигать по полкам сайгаком - могут спрыгнуть на ребенка и придавить, да и детки начнут со временем лазать по полкам, когда им еще рановато высоко забираться, и могут неудачно упасть.