Во-первых, 2 часа-это уже не свежие какахи. Свежие-до получаса. Тех же лямблий, если их не много, можно и не найти, они цистуются быстро. но вообще всё-таки при простейших бывают проблемы со стулом периодические.
Во-вторых, если есть возможность, сходите к ним и попросите показать данные на основании которых они говорят о скудной флоре. Чтобы об этом говорить, надо иметь данные по шиншиллам, а их даже в Москве толком нет. Я специально спрашивала у Насти Высоких. Сравнивают в лучшем случае со свинками, в худшем с кошками вообще. Иногда с крысами ещё. Но свинки в отличие от шиншилл питаются приличным кол-вом свежих овощей и фруктов. Кошки и крысы вообще плотоядные. В общем, микрофлора у них разная.
Как вариант, сдать болюсы шиншиллы, у которой не болы никогда проблем с жкт. И от них отталкиваться.
Конечно, от Ветома хуже не будет, равно как и от какашек. Просто ситуация в лабораториях с анализами фиговая.